Tudo ia bem e o mundo seguia normalmente, até que os céus se fecharam e um grande dilúvio provocou o fim da civilização moderna. Grande parte da população morreu, e os que sobraram viram-se obrigados a "limpar a bagunça". Quinhentos anos depois, os territórios restantes foram divididos entre os sete grandes reinos e o governo ficou dividido entre eles. Agora existem as sete nações maiores e algumas nações menores. Séculos depois das águas tomarem o mundo, a pirataria voltouà sua era de ouro; homens e mulheres de todo o mundo partem para os mares em busca de tesouros, desafiando a Marinha e os governantes do mundo inteiro. Enquanto os piratas fazem bagunça, cada reino prepara seus próprios guerreiros. Um garoto chamado Leff Savage, que está prestes a se tornar um ninja, acaba descobrindo um segredo perturbador que o leva a uma perda. Depois de anos na defesa de seu reino, atuando como ninja, Leff sofreu outra grande perda, mas, desta vez, sua vida mudará para sempre. Depois de matar um famoso pirata e ficar com seus tesouros, Leff abandonará o passado e se tornará um grande pirata, com sua própria tripulação, formada exclusivamente de seres híbridos extremamente poderosos.